统一战线是中国共产党凝聚人心、汇聚力量的政治优势和战略方针，是夺取革命、建设、改革事业的重要法宝，是增强党的阶级基础、扩大党的群众基础、巩固党的执政地位的重要法宝，是全面建成小康社会、加快推进社会主义现代化、实现中华民族伟大复兴中国梦的重要法宝。统一战线的本质就是团结大多数，即把各方面的人尽可能多地团结、联合起来，为实现党的奋斗目标服务。高校是党外知识分子相对集中的地方，汇集着党外各方面的代表人物，又是培养新一代党外代表性人物的“源头”。做好高校统战工作，调动党外知识分子的积极性，关系到高等学校“立德树人”根本任务的贯彻落实，关系到共产党领导的多党合作和政治协商制度的长期存在和发展。

1979年8月，经省编委批文同意，河南中医学院设立统战部，作为党委统战工作的职能部门，其职能是“了解情况、掌握政策、协调关系、安排人事”，主要负责民主党派工作、侨务工作、对台工作、少数民族工作、党外知识分子工作，并根据上级部门工作内容调整，增加了防范校园宗教渗透等工作职能。1992年9月，学校机构改革，党委宣传部与统战部合署办公。2016年5月，学校党委按照上级有关要求，独立设置党委统战部，机构规格正处级，下设综合科和民主党派科。

学校党委历来对统战工作高度重视，认真贯彻党领导的多党合作和政治协商制度，落实“长期共存、互相监督、肝胆相照、荣誉与共”的统战方针，帮助和引导党外知识分子自觉坚持党的基本路线，认真学习领会党的各项方针政策。经常性举行民主党派及党外代表人士座谈会，向他们通报学校的主要工作和重要决策，听取党外代表人士意见，调动各党派参政议政的积极性。党委统战部不断协助党委与党外代表人士保持经常性的密切联系，及时向党委反映党外知识分子的意见和要求。党委注重物色培养党外知识分子中的先进典型，推荐选拔一批政治素质好、业务水平高、与我党真诚合作，在群众中有威信的中青年党外知识分子担任各级人大代表、政协委员，或在校内担任领导职务。2009年以来，学校先后有24位同志担任各级各类人大代表、政协委员、常委。学校大力支持和帮助各民主党派加强自身建设，为各民主党派组织开展活动提供条件，加强各党派之间的交流和联谊，增加共识，更好地开展各项工作。目前，学校党外人士中有河南省人大常委1人、委员1人，河南省政协常委1人、委员3人，郑州市政协委员1人。连续多年被河南省委教育工委、河南省教育厅首批授予“河南省高校统战工作示范单位”称号。

学校党委牢固树立“民族、宗教无小事”的观念，认真贯彻落实中央民族、宗教工作会议精神，不断加大工作力度，完善相关制度，加强对教职工生中国特色社会主义民族、宗教理论政策宣传，连续承办了八届全省大学生中国特色社会主义民族宗教理论知识竞赛，积极开展民族团结进步创建活动。学校2017年、2019年两次被授予“河南省民族团结进步创建示范学校”“河南省民族团结进步创建示范单位”称号。

目前学校有中国国民党革命委员会、中国民主同盟、中国民主促进会、中国农工民主党、中国致公党、九三学社7个民主党派成员共264人，其中建立基层组织5个（中国农工民主党河南中医药大学委员会、九三学社河南中医药大学基层委员会、中国民主同盟河南中医药大学总支、中国民主促进会河南中医药大学支部，中国国民党革命委员会河南省委员会直属河南中医药大学支部委员会。有党外知识分子联谊会和侨联两个统战团体。